Aunque algunas excavaciones arqueológicas en su término municipal confirman que se asentó población en este lugar desde muy remotos tiempos, el origen de Villel de Mesa está en el siglo XII, cuando, poco después de la conquista de la taifa de Molina por Alfonso I de Aragón, el primer señor de Molina, Manrique Pérez de Lara, pobló el valle y lo incluyó dentro de los límites jurisdiccionales que marcaba el fuero y que por esta zona alcanzaba hasta Sisamón. Dentro del señorío, Villel tuvo importancia estratégica durante la Edad Media debido su situación de paso entre Castilla y Aragón y a la configuración del terreno en que asienta, a la falda abrupta de un cerro rocoso en medio del valle del Mesa.
En 1299, la familia de los Funes, originaria de Navarra y dueña del castillo de Ariza, alcanzó la parte alta del valle del río Mesa, apoderándose sin problemas de todos lugares, torreones y fortalezas de esta zona tan estratégica. Entonces quedó por señor de Villel Rui González de Funes, y de ahí pasó a su descendencia, que durante siglos poseyó esta propiedad, sirviendo unas veces al Reino de Aragón y otras al de Castilla. Sus sucesores recibieron el título de marqueses de Villel en 1680, que unieron este título a la primitiva casa de los Funes, con los Azagras y Andrades, formando sus blasones el escudo del señorío de Villel. Después perteneció al patrimonio de los marqueses de Almenara.
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